Duarte nació en el seno de una familia de clase media de la época colonial que se dedicaba al comercio de artículos de marina y ferretería en la zona portuaria de Santo Domingo. Pronto su familia se vería cada vez más involucrada en la causa de Juan Pablo convirtiéndose en su soporte; sus hermanos Rosa y Vicente estuvieron muy activos en los movimientos independentistas realizados por su hermano.